Sadérék ngalakukeun téknik alkémik terlarang pikeun transmutasi manusa dina upaya ngahudangkeun anjeunna nalika Trisha maot tina bala. Hasilna, transmutasi mundur sareng hukum kalayan tukeur anu sami, suku kénca sareng sakujur awak Alphonse urang Edward rusak. Edward kaleungitan panangan katuhu pikeun nyalametkeun jiwa Alphonse, ngiket éta ngagaduhan segel getih kana baju baju waja. Roy Mustang ngajak Edward pikeun janten metode pikeun mulangkeun awak Alphonse pikeun ditalungtik ku Alchemist Nagara. Edward jaya, janten nami numutkeun anggota awak pos palsu na, the Fullmetal Alchemist.
Tilu taun ka pengker, Elicles milarian Batu filsuf legendaris pikeun ngawujudkeun tujuanana. Marcoh ngirimkeun catetanna pikeun dipendakan ku aranjeunna, tapi aranjeunna diajar faktor penting pikeun leres-leres ngadamel Batu nyaéta pangorbanan manusa. Babaturan Mustang, Maes Hughes, ngalaksanakeun panilitianna, tapi ditembak maot ku Dengki anu nyamar kusabab mendakan strategi Homunculi.
Ningali sareng Izumi, urang Elric diajar transmutasi manusa dilakukeun ku anjeunna dina budakna anu masih lahir. The greek homunculus Greed néwak Alphonse, tapi disimpen ku présidén Amestris 'King Bradley, nunjukkeun fungsi salaku homunculus Wrath. Sarakah sahingga dilebur ku sareng diserap deui dina panuju Bapa Homunculi. Winry sareng Elodies balik deui ka Kota Tengah pikeun indit sareng Hughes tapi diajar ngeunaan maotna. Létnan Maria Ross dipiguraan pikeun rajapati Hughes, tapi tétéla ditelasan ku Mustang. Nanging, Edward terang yén miangna Ross dipentaskeun janten anjeunna tiasa diselundupkeun ku Mustang ti Amérika Serikat ka Xing, dibantun ku pangeran Xing Ling Yao. Hohenheim ngahiji deui ku Edward tapi nganggap hina anjeunna kusabab lami teu aya di tempat cicing.
Nalika narasi maju, Homunculi karandapan ku protagonis sababaraha kali. Mustang maéhan hawa nafsu; Mustang sareng Ling néwak Gluttony, nanging anjeunna tungtungna nyéépkeun Sirik kana batinna, sareng Edward, beuteung mirip Ling. Gluttony nyandak Alphonse pendak sareng Bapa, tapi Ling ngajanggélék janten homunculus, khususna avatar paling anyar tina Sarakah, nalika anu sanés kabur tina beuteung Gluttony. Elodies dileupaskeun pikeun neraskeun ngudag aranjeunna upami Bapa henteu ditentang ku aranjeunna.
Milarian torowongan bawah tanah handapeun Briggs, Jenderal Olivier Armstrong mendakan Bapa sareng Érica parantos nyiptakeun grup transmutasi nasional sareng badé masihan wargana janten anjeunna tiasa naék kana dewa. Sarakah cageur ngahianat Bapa sareng kenangan dirina nyalira, damel sareng saatos, sareng Edward, antek chimera ti Kimblee Hohenheim. Hohenheim ngungkabkeun putrana masing-masing yén anjeunna henteu fana, robih katuhu janten Batu filsuf hirup ku Bapa opat ratus taun ka pengker.
Poé Janji sumping sareng Bapa siapkeun stratégi na gaduh samagaha sareng anu nyobian transmutasi manusa salaku pangorbanan na anu penting. Rupa-rupa protagonis bentrok sareng antek Bapa, kalayan sadaya Homunculi kadaluarsa. Saatos Mustang kapaksa, ogé Elodies, Izumi, Hohenheim dikumpulkeun sabab panyabab bapak ngaktipkeun transmutasi nasional. Sanaos kitu, Scar sareng Hohenheim ngaktifkeun Amestrian kanggo disalametkeun ku cara serangan. Sarakah dirusak ku Bapa, sanaos bapak nuju nyanghareupan luhur tempat protagonis ngalawan anjeunna nganggo Batu Filsuf na.
Alphonse, anu baju tameng sadayana musnah ngalangkungan konflik terakhir ngalawan Bapa, masihan sumangetna pikeun kéngingkeun deui panangan katuhu, anu antukna ngancurkeun Batu Rama, ngirim anjeunna deui ka Gerbang Kaleresan Edward anu étéh. Edward kaleungitan kakuatanana pikeun ngalakukeun alkimia pikeun ngorangkeun jiwa sareng awak Alphonse. Hohenheim ningali kuburan dimana anjeunna maot nalika nyengir Trisha.
